مدائن جراحت برداشت و در خانه سعدبن مسعود ثقفی عموی مختار که از زمان امام علی و به فرمان آن حضرت، فرماندار مدائن بود پیشنهاد کرد که امام مجتبی را دستگیر و نزد معاویه بفرستد تا از وعده های مالی فراوان معاویه، بهره مند شوند، ولی "سعد" به شدت با مختار برخورد و پشنهاد او را رد کرد و مختار ساکت شد. این اولین سابقه مختار در تاریخ اسلام است که به او نسبت داده اند اینکه گفته شده که به همین دلیل مختار در نزد شیعیان، از «عثمانیه» بود تا اینکه بعدها به شیعیان پیوست، ساختگی است زیرا مختار قبل از واقعه کربلا سال 61 هـ ق، یکی از شیعیان مردم کوفه بود. زمانی که مسلم بن عقیل نماینده امام حسین علیه السلام به کوفه فرستاده شد در منزل او اقامت کرد. در حمله مسلم بن عقیل به دربار "عبیدالله بن زیاد" و شهادت مسلم، مختار از کوفه بیرون رفته بود و بعد از برگشت توسط عبیدالله دستگیر و زندانی شد. او در تمام ایامی که حادثه کربلا اتفاق افتاد در زندان بود. سال 64 هجری قمری، بعد از مرگ یزیدبن معاویه (عبدالله بن زبیر) حاکم مکه از مختار دعوت به همکاری کرد. مختار با شروطی با او بیعت و بعد از اینکه شهر کوفه به دست «زبیری ها» افتاد او به کوفه بازگشت.

قیام مختار
وی 5 سال بعد از حادثه خونین کربلا و یکسال بعد از نهضت «توابین» خود را با انتساب با هدف خونخواهی حسین بن علی علیه السلام و انتقام از قاتلان شهدای کربلا قیام کرد. 14 ربیع الاول سال 66 هـ ق، در کوفه به پا خاست و "عبدالله بن مطیع" را که کارگزار "عبدالله بن زبیر" بود بیرون کرد. قیام و جهت گیری اصلی جنبش مختار با شعار «یا منصور امت» و «یا لثارات الحسین» بود. درگیری های سختی در محله ها و میدان های کوفه شد، گروههایی کشته و گروههایی تسلیم شدند و مختار وارد قصر کوفه شد. اشراف کوفه با او بیعت کردند. به نقل از «اخبارالطوال» اغلب سپاه مختار از موالی ایرانی بودند (تاریخ خلفا/522). مختار بعد از تسلط بر حکومت، قاتلان واقعه کربلا را کشت و نیروهایی به اطراف فرستاد تا هم در مناطق دیگر غالب شده و هم جنایتکاران آنجا را به کیفرشان برساند. مدتها این تحرکات و نبرد با طرفداران بنی امیه به طول انجامید.

برخی از سرکردگان که به هلاکت رسیدند
شمار کشته شدگان در قیام مختار را بر 3000 نفر گفته اند از جمله: عمربن سعد و پسرش شمربن ذی الجوش، حکیم بن طفیل، زیادبن مالک، خولی، منقذبن مره، عبدالله بن اسید، سنان، زیدبن رقاد، مالک بن بشر، حرمله، عمروبن حجاج، ربیعة بن مخارق (فرمانده نیروهای ابن زیاد).

اقدامات مختار
مهمترین اقدام مختار، مقابله با سپاه شام بود که درسال 67 هـ ق بین سپاه او به فرماندهی "ابراهیم بن اشتر" و سپاه شام به فرماندهی "عبیدالله بن زیاد" صورت گرفت که در این جریان بعضی از اصلی ترین سرکردگان و رهبران شام که مدتها در جنگهای مختلف عراق، شرکت داشتند، مثل عبیدالله بن زیاد، حصین بن نمیرسکونی، شرجیل بن ذی الکلاع، همگی کشته شدند و بقیه سپاه نیز شکست خورده و فراری و در شهر «موصل» آواره شدند.

سرانجام کار مختار
مختار به سرزمین و مناطقی چون موصل، حلوان (نزدیک سرپل ذهاب)، مدائن، بلاد ارمنیه، اران، آذربایجان، حوران، ماهیان، ری و اصفهان که اینها شمال عراق بود، مسلط شد و فقط شهر بصره به دست آل زبیر و زبیریان بود. زبیریان از نیروهای مختار خواستند که با عبدالله بن زبیر، به عنوان امیرالمومنین بیعت و دست از جنگ بردارند، و یاران مختار خواستند تا آنها با مختار بیعت و خلافت را به «آل رسول» واگذارند که در این میان جنگی صورت گرفت و مصعب بن زبیر حاکم بصره و برادر عبدالله بن زبیر که از شقی ترین افراد روی زمین بود سپاه مختار را شکست داد و مختار و بسیاری را کشت و یاران او را اسیر کرد و به بغض اینکه بیشتر آنها از «عجم» بودند آنها را از دم تیغ گذراند. مدت حکومت مختار، یکسال و نیم (18 ماه ) بود و در 14 رمضان سال 67 هجری قمری در سن 67 سالگی از دنیا رفت. قبر او، در رواق راهرو مرقد حضرت مسلم بن عقیل در کوفه است.

احوالات مختار ثقفی
مختار را به مدح و ذم توصیف کرده اند. به علت خونخواهی حسین بن علی و یارانش بسیار او را ستوده اند، آن چنانکه از امام باقر علیه السلام: مختار را دشنام ندهید، او قاتلان ما را کشت و خونخواهی ما نمود و....، و از طرفی، بعضی آن را «کذاب» گویند و اتهاماتی چون ادعای «نبوت» برای خودش و ادعای «مهدویت» برای محمدبن حنفیه و تاسیس فرقه کیسانیه به او زده اند که اغلب این نسبت ها، بعد از مرگ مختار بوده و همانگونه که در تاریخ نقل شده مهم ترین عامل این اتهامات، ضرباتی است که او بر پیکر امویان و زبیریان وارد کرده است. عبدالله ابن زبیر که به گفته خود از چهل سال قبل دشمنی اهل بیت پیامبر را بر دل داشت، نمی توانست نسبت به مختار که برای حاکم کردن اهل بیت علیهم السلام، اینهمه کوشید بی تفاوت بماند. تکلیف بنی امیه که روشن است (برای آگاهی کامل مراجعه به کتب مربوطه شود). مختار مردی باهوش و آگاه و خردمند بود. او تعبد زیاد داشت و به گفته همسرش او از بندگان صالح خدا بود. همسر او بعد از این توصیف به دستور "مصعب بن زبیر" زندانی و بعد به قتل رسید.