ایشان بعد از تکمیل دروس، در سال 1363 ه.ق. موافق با 1324 ه.ش. به ایران مراجعت کرده و چند ماهی در موطن خود فومن اقامت گزید و بعداً در حالی که آماده بازگشت به حوزه علمیه نجف اشرف بود، قصد زیارت حرم مطهر حضرت معصومه علیها السلام و اطّلاع یافتن از وضعیت حوزه قم را کرد، ولی در طول چند ماهی که در قم توقف کرده بود، خبر رحلت استادان بزرگ نجف، یکی پس از دیگری شنیده می شد، لذا ایشان تصمیم گرفت که در شهر مقدس قم اقامت ‌کند.

در قم از محضر آیت الله العضمی حجت کوه کمره ای استفاده کرده و در بین شاگردان آن فقید سعید درخشید. چند ماهی از اقامت حضرت آیه الله العظمی بروجردی در قم نگذشته بود که آیت الله بهجت وارد قم شد، و همچون حضرات آیات عظام امام خمینی، گلپایگانی و ... به درس فقید سعید مرحوم بروجردی حاضر شد.

آیت الله مصباح در این باره می گوید:
« آیت الله بهجت از همان زمانی که مرحوم آیت الله بروجردی(ره) در قم درس شروع کرده بودند از شاگردان برجسته واز مُستَشکِلین معروف و مبرّز درس ایشان بودند. معمولاً استادانی که درس خارج می گویند، در میان شاگردانشان یکی دو سه نفر هستند که ضمن اینکه بیش از همه مطالب را ضبط می کنند احیاناً اشکالاتی به نظرشان می رسد که مطرح و پی گیری می کنند تا مسائل کاملاً حل شود، اینان از دیگران دقیق ترند، و اشکالاتشان علمی تر و نیاز به غور و بررسی بیشتری دارد، و ایشان در آن زمان چنین موقعیتی را در درس مرحوم آیت الله بروجردی داشتند. »
 آیت الله بهجت در همان ایام که در درس آیات عظام اصفهانی، کمپانی و شیرازی حضور می یافت، ضمن تهذیب نفس و تعلم، به تعلیم هم می پرداخت و سطوح عالیه را در نجف اشرف تدریس می کرد. پس از هجرت به قم نیز پیوسته این روال را ادامه می دادند. در رابطه با تدریس خارج فقه توسط ایشان نیز در مجموع می توا ن گفت که ایشان بیش از چهل سال است که به تدریس خارج فقه و اصول اشتغال دارند و به واسطه شهرت گریزی غالباً در منزل تدریس کرده است، و فضلای گرانقدری سالیان دراز از محضر پر فیض ایشان بهره برده اند.

شیوه تدریس

آیت الله مصباح در مورد روش تدریس ایشان می گوید: « ایشان در بیان مطالب سعی می کردند ابتدا مسأله را از روی کتاب شیخ انصاری قدس سره مطرح کنند، و بعد هر کجا مطلب قابل توجهی از دیگران مخصوصاً از صاحب جواهر قدس سره در طهارت، و از مرحوم حاج آقا رضا همدانی و دیگران مطالب برجسته ای داشتند آن را نقل می کردند، و بعد هر جا خود ایشان نظر خاصی داشتند آن را بیان می کردند. این شیوه از یک طرف باعث این می شد که انسان از نظر استادان بزرگ در یک موضوع آگاه بشود و در عین حال صرفه جویی در وقت می شد. استادان دیگر هم برای تدریس شیوه های جالبی داشتند که شاید برای مبتدی مفیدتر بود که هر مطلب را از هر استاد جداگانه طرح می کردند، ولی خوب این باعث می شد که وقت بیشتری گرفته بشود و احیاناً مطالبی تکرار بشود.

در ضمن تدریس، در میان نکته هایی که از خود ایشان ما استفاده می کردیم و طبعاً بعضی از این نکته ها چیزهایی بود که ایشان از استادانشان شفاهاً دریافت کرده بودند، به مطالب بسیار ارزنده و عمیق و دارای دقتهای کم نظیری بر می خوردیم. »

آیت الله مسعودی که خود سالها از درس آیت الله العظمی بهجت بهره برده اند درباره ویژگی تدریس ایشان می گوید: « سبک درس ایشان سبک خاصی است. معمولاً آقایان مراجع و بزرگان در درس خارج یک مسأله ای را مطرح می کنند و اقوال دیگران را یکی یکی ذکر می کنند، سپس یکی را نقد می کنند و دیگری را تأیید، و سرانجام یکی از آن نظرات را می پذیرند، یا نظریه دیگری را انتخاب می کنند. ولی ایشان بر خلاف همه، نقل اقوال نمی کنند بلکه ابتدا مسأله را مطرح می کنند و بعد روند استدلالش را بیان می کنند. اگر شاگرد آراء علماء را دیده و مطالعه کرده باشد، می فهمد که دلیلی را که استاد ذکر می کند چه کسی گفته است، و اشکال یا تأییدی را که می کند می فهمد به سخن چه کسی اشکال یا قول چه کسی را تأیید می کند. لذا هر کس بخواهد در درس ایشان شرکت کند باید مبانی و نظرات آقایان دیگر را دیده باشد. »

آیت الله محمد حسین احمدی فقیه یزدی درباره شیوه درس ایشان می گوید:« نوعاً ایشان چند مسئله اصلی یا فرعی را که عنوان می فرمودند بعد از توجه به ظرافتهای حدیث و روایت و یا آیه شریفه ای که دلالت بر موضوع بحث داشت، مقایسه ای بین موضوع بحث و سایر بحثهای مشابه می نمودند و دقت عقلی و فکری خاصی در تعادل آن دو انجام می دادند، آنگاه نتیجه می گرفتند که انصافاً نتیجه علمی و جدید بود. و حقیقتاً مطلبی را که ذکر می کردند ناشی از اوج و عظمت دید و فکرشان بود که از ائمه علیهم السلام و اسلام گرفته بود و اجتهاد صحیح نیز هم این گونه بحث و تجزیه و تحلیل کردن است. »

موعظه در درس

حجة السلام والمسلمین قدس، امام جمعه کلاچای که خود سالها در درس ایشان حضور داشته است می گوید: « روال آیت الله العظمی بهجت این بود که پیش از شروعِ درس، حدود ده دقیقه موعظه می کرد، ولی نه به عنوان موعظه بلکه به عنوان حکایت حال بزرگان گذشته. و معلوم بود که منظور اصلی آیت الله مصباح یزدی که سالها در درس خارج فقه ایشان شرکت می کردند (15سال)، علاوه بر استفاده علمی، استفاده از روحیه ملکوتی آقا بوده است. »

آیت الله مصباح در این باره می گوید: « آیت الله بهجت گاهی داستانی را یا حدیثی را نقل می کردند که برای ما تعجب آور بود ایشان چه اصراری دارند که بر مطالب معلوم و روشن تکیه می کنند، از جمله مطلبی که ایشان در تذکّرات پیش از درس اصرار می کردند امامت امیر المؤمنین علیه السلام بود، ما تعجب می کردیم که ما مگر در آن حضرت شک داریم که ایشان این قدر اصرار دارند که دلائل امامت حضرت علی علیه السلام را برای ما بیان کنند. یک خورده ته دلمان گله مند بودیم که چرا به جای این مطالب یک چیز هایی که بیشتر حاجت ماست ( در امور اخلاقی و معنوی ) مطالبی را نمی گویند. اما بعد از این که به پنجاه- شصت سالگی رسیدیم، در بسیاری از مباحث دیدیم که آن نکته هایی که ایشان چهل سال پیشتر در درسشان درباره امامت علی علیه السلام می فرمودند به دردمان می خورد. گویا ایشان آن روز می دید که یک مسائلی بناست در آینده مورد غفلت و تشکیک قرار بگیرد.

شاید اگر توجه های ایشان نبود ما انگیزه ای نداشتیم درباره این مسائل مطالعه ای داشته باشیم، حتی از نکته هایی که ایشان چهل سال پیش بیان می کردند امروز بنده در نوشته هایم در مورد مسائل اعتقادی یا جاهای دیگر استفاده کرده‌ام. »

جایگاه علمی

گواهی استادان و هم دوره ایها و نیز شاگردان برجسته که بخشی از آن در ذیل می آید نمایانگر دقت نظر و نبوغ برجستگی علمی ایشان است:

از آن جمله گویند:روزی ایشان در درس کفایه یکی از شاگردانِ مرحوم آخوند خراسانی به نحوه تقریر مطالب آخوند خراسانی توسط استاد اعتراض می کند، ولی با توجه به اینکه از همه طلاب شرکت کننده در درس کم سنّ و سال تر بوده در جلسه بعدی پیش از حضور استاد مورد اعتراض و انتقاد شدید شاگردان دیگر قرار می گیرد، ولی در آن هنگام ناگهان استاد وارد می شود و متوجه اعتراض شاگردان به ایشان می گردد. سپس خطاب به آنان می فرماید: « با آقای بهجت کاری نداشته باشید. » همه ساکت می شوند آنگاه استاد ادامه می دهد: « دیشب که تقریرات درس مرحوم آخوند را مطالعه می کردم متوجه شدم که حقّ با ایشان است » و پس از این سخن، از جدیت و نبوغ آیت الله بهجت تمجید می نماید.

یکی از دانشمندان نجف می گوید: « ایشان در درس، به مرحوم آیت الله کمپانی امان نمی داد، و پیوسته بحثها را مورد نقد قرار می داد. »

مرحوم آیت الله حاج شیخ مرتضی حائری نیز می گوید: « ایشان با اظهار نظرهای دقیق و اشکالات مهمّ، چنان نظر استاد را جلب کرده بود که چند روزی مجلسِ درس از حالت درس خارج شده بود، آن ایرادها برای ما هم مفید بود؛ ولی آقای بهجت برای گریز از شهرت دیگر به انتقاد نپرداختند و اگر ادامه می دادند معلوم می شد اگر بالاتر از دیگران نباشند بی شک کمتر از آنان نیستند. »

مرحوم علامه محمد تقی جعفری می گوید: « آن هنگام که در خدمت آقا شیخ کاظم شیرازی مکاسب می خواندیم، آیت الله بهجت نیز که اینک در قم اقامت دارند، در درس ایشان شرکت می نمودند، خوب یادم هست که وقتی ایشان اشکال می کردند آقا شیخ کاظم با تمام قوا متوجه می شد، یعنی خیلی دقیق و عمیق به اشکالات آقای بهجت توجه می کرد، و همان موقع ایشان در نجف به فضل و عرفان شناخته شده بود. »

آیت الله سید محمد حسین طهرانی در کتاب انوارالملکوت می نویسد: « آیت الله حاج شیخ عباس قوچانی، وصیّ سید علی آقای قاضی می فرمودند: آیت الله العظمی حاج شیخ محمد تقی بهجت در فقه و اصول به درس مرحوم آیت الله العظمی حاج شیخ محمد حسین غروی اصفهانی حاضر می شدند و چون به حجره خود در مدرسه مرحوم سیّد باز می گشتند بعضی از طلابی که در درس برای آنها اشکالاتی باقی مانده بود به حجره ایشان می رفتند و اشکالشان را رفع می نمودند. و چه بسا ایشان در حجره خواب بودند و در حال خواب از ایشان می پرسیدند و ایشان هم مانند بیداری جواب می دادند جواب کافی وشافی، و چون از خواب بر می خاستند و از قضایا و پرسشهای در حال خواب با ایشان سخن به میان می آمد ابداً اطلاع نداشتند و می گفتند: هیچ به نظرم نمی رسد و از آنچه می گویید در خاطرم چیزی نیست. »

آیت الله مشکینی می گوید: « ایشان از جهت علمی ( هم در فقه و هم در اصول ) در یک مرتبه خیلی بالایی در میان فقهای شیعه قرار دارند. »

حجة السلام و المسلمین امجد می گوید: « ایشان در علمیت در افق اعلی است. فقیهی است بسیار بزرگ، و معتقدم که باید مجتهدین پای درسشان باشند تا نکته بگیرند و بفهمند، و حق این است که درس خارج را باید امثال آیت الله بهجت بگویند نه آنهایی که به نقل اقوال بسنده می کنند. »

تشویق بزرگان به شرکت در درس ایشان

آیت الله مصباح می گوید: « اولین چیزی که ما را جذب کرد آن جاذبه معنوی و روحانی ایشان بود. ولی تدریجاً متوجه شدیم که ایشان از لحاظ مقامات علمی و فقاهت هم در درجه بسیار عالی قرار دارد. این بود که سعی کردیم خدمت ایشان درسی داشته باشیم تا وسیله ای باشد هم از معلومات ایشان بهره ای ببریم، و هم بهانه ای باشد که هر روز خدمت ایشان برسیم و از کمالات روحی و معنوی آقا بهره مند شویم. کتاب طهارت را در خدمت ایشان شروع کردیم، ابتدا در یکی از حجرات مدرسه فیضیه چند نفر از دوستان شرکت می کردند، و بعد از گذشت یک سال، یکی دو سالی هم در حجره ای در مدرسه خان (مدرسه مرحوم آیت الله بروجردی) خدمت ایشان درس داشتیم، و بعدها که ضعف مزاج ایشان بیشتر شد از آن به بعد در منزل، خدمتشان می رفتیم که یک دوره طهارت را خدمت ایشان خواندیم، و بعد یک دوره هم مکاسب و خیارات را که تقریباً حدود 15 سال ادامه پیدا کرد. ما در درس ایشان استفاده هایی می بردیم که در بسیاری از درسها کمتر یافت می شد. »

شهید بزرگوار استاد مطهری(ره) نیز به درس ایشان عنایت خاصّی داشتند. آیت الله محمد حسین احمدی یزدی در این رابطه می گوید: « آیت الله شهید مطهری درباره درس آیت الله بهجت به ما خیلی سفارش می کرد و می فرمود: حتماً در درس ایشان شرکت کنید مخصوصاً در اصول، چون آقای بهجت درس آقا شیخ محمد حسین اصفهانی را دیده حتماً در درس ایشان شرکت کنید.»

استاد خسرو شاهی می گوید: « بنده در درس فقه خارج خیارات آیت الله العظمی شیخ مرتضی حائری شرکت می کردم. ایشان اواخر عمر مریض بودند و درسشان تعطیل شد. یک روز وقتی که آیت الله حایری از حرم بیرون می آمدند، به خدمتشان رفتم و پس از سلام عرض کردم: ان شاء الله درس را شروع می فرمایید؟ فرمودند: نه. بعد فرمودند: « شما که جوان هستید من یک ضابطه ای را در اختیار شما قرار بدهم، و آن اینکه درس کسانی شرکت بکنید که فقط نقل اقوال نکنند، بلکه اقوال را بررسی کرده و نکاتی را در درس بیان کنند که در فعلیت رساندن ملکه اجتهاد خیلی سودمند باشد. چون درسی برای شما مفید است که این ملکه اجتهاد را از قوه به فعلیت برساند، و تنها به نقل اقوال کفایت نکند. »

من همان جا به ایشان عرض کردم: جناب عالی کسی را با اسم برای ما معرفی بفرمایید. فرمودند: « من از اسم بردن معذورم. » عرض کردم: من در درس آیت الله العظمی بهجت شرکت می کنم. ایشان اظهار رضایت نمود و تبسم کردند و فرمودند: « درس ایشان از نظر دقت و محتوا همین قاعده و ضابطه ای را که به شما گفتم دارد، خوب است که در درس ایشان شرکت می کنید. درس ایشان از هر جهت سازنده است هم از جهت علمی هم از جهت اخلاقی، این درس را ادامه بدهید. »