درسال672وجودمولانا به ناتوانی گرائید ودر بستر بیماری افتاد و به تبی سوزان و لازم دچار گشت و هر چه طبیبان به مداوای او کوشیدند و اکمل‌الدین و عضنفری که از پزشکان معروف آن روزگاربودند به معالجت او سعی کردند، سودی نبخشیدتادر روزسکشنبه پنچم ماه جمادی‌الاخر سال672 روان پاکش از قالب تن بدرآمد و جان‌به‌جان آفرین تسلیم کرد.

اهل قونیه ازخردوبزرگ درتشییع جنازه ‌او حاضرشدند و حتی عیسویان و یهودیان در ماتم او شیون و افغان می‌کردند. شیخ صدرالدین قونوی برمولانا نماز خواند و سپس جنازه او ا برگرفته و با تجلیل بسیار در تربت مبارک بر سر گور پدرش بهاءالدین ولد به خاک سپردند.

پس از وفات مولانا،علم‌الدین قیصر که از بزرگان قونیه بود با مبلعی بالغ بر سی‌هزار درهم بر آن شد که بنائی عظیم بر سر تربت مولانا بسازد. معین‌الدوله سلیمان پروانه که از امیران زمان بود،او را به هشتاد هزار درهم نقد مساعدت کردوپنجاه هزاردیگربه حوالت بدو بخشید و بدین‌ترتیب تربت مبارک که آنرا قبه خضراء گویند بنا شد و علی‌الرسم پیوسته چند مثنوی خوان و قاری بر سر قبر مولانا بودند.

مولانادرنزد پدرخود سلطان‌العلماء بهاءالدین ولدمدفون است واز خاندان و کسان وی بیش از پنجاه تن در آن بارگاه به خاک سپرده شده‌اند.

بنا به بعضی از روایات،ساحت این مقبره پیش ازآمدن بهاءالدین ولد به قونیه به نام باغ سلطان معروف بود و سلطان علاءالدین کیقباد آن موضع را به وی بخشید و سپس آنرا ارم‌باغچه می‌گفتند.

افلاکی در مناقب‌العارفین می‌نویسد که:«افضل‌المتأخرین نجم‌الدین طشتی روزی در مجمع اکابر لزیفه می‌فرمودند که در جمیع عالم سه چیز عام بوده چون به حضرت مولانا منسوب شد خاص گشت و خواص مردم مستحسن داشتند: اول‌کتاب مثنوی‌است که هردومصراع رامثنوی می‌گفتند،دراین زمان چون‌نام مثنوی گویند عقل به بدیهه حکم می‌کند که مثنوی مولاناست.دوم:همة علمارا مولانا می‌گفتند،درین خال چون نام مولانا می‌گویند حضرت او مفهوم می‌شود. هرکورخانه‌راتربت می‌گفتند،بعدالیوم‌چون یادتربت می‌کنندوتربت می‌گویند،مرقد‌مولاناکه‌تربت است معلوم می‌شود».

پس از رحلت مولاناحسام‌الدین چلبی جا نشین وی گشت. چلبی یا چالابی کلمه‌ای است ترکی به معنی آقا وخواجه ومولای من، واصل آن چلب یا چالاب به معنی معبود ومولاوخدااست درترکیه غالبأاین لغت عنوان بر پوست تخت نشینان وجانشینان مسندنشینی مولانا اطلاق می‌شود حسام ا لدین در683 هجری در گذشت وسلطان ولد پسر مولانا با لقب چلبی جانشین وی گشت .سلطان ولدکه مردی دانشمد وعارفی متتبع بود تشکیلات درویشان مرید پدرش را نظم‌وترتیبی تازه دادوبارگاه مولانارامرکزتعلییمات آن طایفه ساخت. پس ازمرگ ودر 710 هجری پسرش اولو عارف چلبی جانشین اوشد. پس ازوی درسال720هجری برادرش شمس‌الدین امیرعالم پیشوای‌دراویش مولویه گشت .وی درسال 734 هجری در گذشت. درزمان اوخانقاه‌های فراوانی دراطراف واکناف آناطولی برای دراویش مولویه ساخته شد، وبارگاه مولانا به صورت مدرسه‌ومرکزتعلیمات صوفیان‌درآمدوزیارتگاه اهل معرفت ازترک‌وعرب وعجم گردید .شمار چلبیانی که پس ازمولانا پیاپی برتخت پوست درویشی اونشسته‌اند تا1927 به سی و دو تن میرسد .دراین این سال این بارگاه تبدیل به موزه شد وموزه مولانا نام گرفت.