شیخ احمد بی آنکه از فلسفه و علوم عقلیه آگاهی کاملی داشته باشد، با مطالعه اندکی از حکمت متعالیه و عرفان الاهی خود را مجتهد این علم می دانست. (فهرست کتب شیخ احمد، 1/ 146و 183 و 184)
او پیوسته در کتابهایش به حکمای اسلام، عرفا و کسانی که مقامی در تفسیر و حدیث داشتند ناسزا می گفت و نسبتهای ناروا می داد. محی الدین عربی را ممیت الدین می خواند و او را کافر و ملحد می دانست و عباراتش را مزخرفات می شمرد. در مقدمه شرحش بر کتاب «عرشیه»، از صدر الدین شیرازی، برای گرایش به اقوال کسانی چون ابن عربی انتقاد می کند. همین اشکال را بر فیض کاشانی وارد کرده و او را نیز گمراه می خواند. آنان را مخالف راه اهل بیت دانسته و خود را اهل کشف و معاینه و در راه اهل بیت قرار می دهد.
این در حالی است که هر عاقلی بی غرضی به مطالب شیخ در آن نسبت های ناروا بنگرد، در می یابد که او مطلب را درک نکرده است.

مرحوم ملا محمد تنکابنی می نویسد:
شیخ احمد ملا صدرا را کافر می دانست و می گفت: عبارت ملا صدرا «بسیط الحقیقه کل الاشیاء»، لفظا و معنی باطل است. او در این باره بسیار سخن گفته است و به همین وسیله او را کافر دانسته است. (قصص العلماء، ص 53)

در ادامه می نویسد:
شیخ احمد ملا محسن را نیز به واسطه مساله علم، تکفیر کرد. به شرح کتاب قره العیون او پرداخت و کلماتش را رد کرد. حاجی ملاهادی سبزواری کتابی نوشت و ردیات شیخ را پاسخ داد؛ شیخ احمد در برخی از جملاتش می گوید: «قال المسیء القاسانی تبعا لإمامه ممیت الدین اعرابی»؛ مرادش از مسیء، ملا محسن و مقصود از ممیت الدین، محیی الدین  است. (قصص العلماء، ص 53)
شایان ذکر است که: مرحوم ملامحسن فیض کاشانی در ابتدا به تصوف متمایل بود و در بعضی کتابها و رسائلش به ویژه اشعارش بر مذاق صوفیان و عارفان سخن گفته و کتاب «کلمات مکنونه» (کلمات مکنونه را می توان شرح کوتاهی بر کتاب «فصوص الحکم» ابن عربی و برگرفته از «نقد النصوص» جامی دانست. داوری درباره ابن عربی، ص 159) را نیز در بیان معارف عارفان وحدت وجودی نگاشت و در مقدمه خود را ناقل اقوال معرفی کرد و از اتصاف خود به احوال آنان دوری کرد. (الکلمات مکنونه، ص 8)

لیکن در جای دیگر تغییر نظر می دهد و در ذیل کلام غزالی درباره صوفیه می گوید:
«أقول: و أی فضل و کرامه للصادقین من الصوفیه حتی یکون للمتشبهین بهم فضل و غرور؟ فانّ أکثرهم من اهل البدع من السماع و الرقص و الجهر من القول فی الدعاء و غیر ذلک (المحجه البیضاء، ج 6، ص 338 کتاب ذم الغرور)

اواخر عمرش در رساله «الانصاف» (او در سال 1083 این رساله را نوشت و در سال 1091 از دنیا رفت) نوشت:
نه متکلمم و نه متفلسف و نه متصوفم و نه متکلف، بلکه مقلد قرآن و حدیث پیغمبر و تابع اهل بیت آن سرور؛ از سخنان حریت افزای طوایف اربع ملول و برکرانه، و از ما وای قرآن مجید و اهل بیت و آنچه بدین دو آشنا نباشد بیگانه.

من هر آنچه خوانده ام همه از یاد من برفت             إلا حدیث دوست که تکرار می کنم

 (سائل ملا محسن فیض کاشانی، رساله الانصاف، ص 189؛ ترجمه همین عبارت، در کتاب دیگرش «قره العیون، ص 331» که آن را در سال 1088 هـ  تمام کرد، آورده است.)