بر اساس وصیت آن حضرت فرزندان ارجمندش به پا خاستند تا شبانه آن نازنین بدن را غسل دهند و کفن کنند و به خاک سپارند.

هنگامی که لباس او را درآوردند، در سراپای پیکر پاکش اثر زخم های بی شماری دیده می شد که در میدان های گوناگون جهاد بر آن حضرت وارد آمده و پس از بهبود اثر آنها مانده بود .

امام حسن پیکر پاک پدر را می شست و امام حسین آب می ریخت و آن نازنین بدن به گونه ای شگفت آور به خودی خود می گردید و نیاز به گردانیدن دیگری نداشت! چرا که فرشتگان آن را می گردانیدند و بوی خوش آن پیکر پاک از عطر مشک و عنبر نیز دل انگیزتر بود.

پس از پایان یافتن مراسم غسل، امام مجتبی خواهرش زینب را صدا زد و از او خواست تا باقی مانده حنوط پیامبر را بیاورد. هنگامی که آن را آورد و گشود بوی دل انگیز آن، همه شهر را پر کرد. پس از برنامه حنوط، آن نازنین بدن را با پنج قطعه کفن پوشاندند و بر تابوت قرار دادند و پسران ارجمندش حسن و حسین عقب تابوت را گرفتند، که به ناگاه دیدند، همان گونه که خود فرموده بود، جلو تابوت به وسیله کسانی که دیده نمی شدند، بلند شد و حرکت کرد و از کنار هیچ درختی نگذشتند جز این که دیدند در برابر آن تابوت و آن پیکر پاک به نشان گرامیداشت سر تعظیم فرود می آورد!

شهر یکپارچه در ماتم فرورفته بود و از آن میان بانوان هاشمی که در جریان کار بودند، در حالی که بر سر و سینه می زدند و شیون می کردند به دنبال تابوت حرکت کردند؛ اما حضرت مجتبی از آنان خواست تا آهسته و بی صدا به خانه های خویش بازگردند، چرا که برنامه این بود که آن نازنین بدن شبانه به خاک سپرده شود و برای مدتی آرامگاه آن حضرت نیز ناشناخته بماند.

با دستور امام حسن، جز فرزندان امیرمؤمنان و شماری از یاران خاص آن حضرت، همه برگشتند و آن تابوت بر دوش جبرئیل و میکائیل و حسن و حسین از کوفه دور شد و به سوی نجف رهسپار گردید.

در نقطه ای از آن سرزمین، جلو تابوت به زمین آمد و فرزندان آن حضرت نیز عقب آن را بر زمین نهادند و امام حسن همان گونه که پدر سفارش فرموده بود بر آن پیکر پاک نماز خواند .

پس از نماز، تابوت را کنار زدند و با جابه جا کردن خاک، آرامگاهی ساخته و پرداخته یافتند که سنگ نوشته ای نشان می داد که آن قبر را حضرت نوح برای بنده برگزیده و شایسته کردار خدا، علی (ع) آماده ساخته است.

هنگامی که بر آن شدند تا آن پیکر مقدس را به درون قبر برند، ندای نداگری را از آسمان شنیدند که می گفت:

«انزلوه الی التربة الطاهرة، فقد اشتاق الحبیب الی الحبیب»

آن نازنین بدن را به سوی این تربت پاک فرود آورید که دوست در شور و شوق دوست است!

و بدین سان آن پیکر پاک، پیش از سپیده دم به خاک سپرده شد و همان گونه که خود وصیت فرموده بود قبر منورش را نهان ساختند تا از کینه کور گماشتگان تعصب و خرافه و دشمنی ددمنشانه خوارج و دیگر تبهکاران در امان بماند.

در این مورد آورده اند که «حجاج» در زمان سلطه شرربارش بر عراق، هزاران قبر را در اندیشه یافتن پیکر پاک امیرمؤمنان شکافت، اما آن را نیافت و آن آرامگاه، تا روزگار هارون جز بر فرزندان او و برخی از دوستداران ویژه اش ناشناخته بود.