به موازات رشد عقلى انسان، علم در همه جوانبش در حال پیشرفت بود، عقلا و دانشمندان، براى کشف حقایق به تکاپو افتاده بودند؛ اروپا طبق نظریه محقّقین خود آن‏ها با اثرگیرى از علوم اسلامى، در راه تحقیق مسائل علمى افتاده بود، ولى پیشرفت‏ دانش به صلاح کلیسا و اربابانش نبود؛ زیرا بیدارى ملّت‏ها، به حکومت شیطانى‏شان- که زیر پرده دین پنهان شده بود- خاتمه مى‏داد. پاپ‏ها و کشیشان چندى پس از عیسى به کتمان حق عادت کرده بودند و تحریف حقایق طبیعت دوّم آنان شده بود، اینان به هنگام ظهور اسلام هم، از این دو جنایت فروگذار نبودند، به وقت حرکت علمى اروپا، بنا گذاشتند با علم و عالم به مخالفت برخیزند و هرچه را مطابق کتب دینى تحریف شده خود ندیدند نابود کنند؛ اگر کتمان حق و تحریف حقایق در کار نبود، مخالفت با علم هم پیش نمى‏آمد و وضع تاریخ غیر از این بود، آن‏ها باعث شدند که چهره دین به طور مطلق مورد نفرت قرار بگیرد، آن‏ها اکثریّت مردم روى زمین را به مسئله خدا و قیامت و اخلاق بدبین کردند و اسلام هم در بین مسلمانان از خطر و جنایت آنان درامان نماند؛ آن‏ها کارى کردند که در دنیا وانمود شد دین با علم و پیشرفت و تمدّن مخالف است؛ این عقیده که محصول مظالم کلیسا بود به ممالک اسلامى هم سرایت کرد و جامعه اسلامى را از اسلام دور کرد، مسلمانان هم تصوّر کردند راه رسیدن به تمدّن جدایى از دین است؛ گرمى و حرارت این عقیده به آنان اجازه نداد که فکر کنند، کدام دین مانع علم و پیشرفت است، دین خالص یا دین تحریف شده.
اسلام-/ که به طور خالص در قرآن و روایات صحیح منعکس است-/ علّت بیدارى، علم، استقلال، آزادى، شرف، آبرو، خیر دنیا و آخرت است، ولى دین تحریف شده به طور صددرصد مانع ترقّى و پیشرفت و بلکه علّت بدبختى است!!
ولى پاپ‏ها و کشیش‏ها به غارت، شهوت، حکومت، خیانت و پلیدى خو کرده بودند، هوى بر آنان حاکم بود، هوس‏پرستى دین آنان بود و به فرموده قرآن معبود، معشوقى جز هوى نداشتند، با این که عالم به بعضى از حقایق بودند، ولى هوى مانع از این بود که بتوانند به علم خود عمل کنند!!
به خاطر هوى و هوس به برپا شدن محاکم تفتیش عقاید دستور دادند و به عنوان‏ نماینده خدا و مالک رقاب عباد الهى، بیداران و صاحبان علم را به محاکمه کشیده و به خاطر این که علومشان با کتب مذهبى تحریفى و عقاید کلیسا موافق نبود محاکمه و محکوم کردند.
در کتاب «رویدادهاى مهمّ تاریخ» جهان آمده است:
بزرگ‏ترین بدبختى در آن روزگار غم‏آلود و ترسناک این بود که انسان از شکنجه انسان غرق شور و شعف و نشاط مى‏شد، انسان عطشى فوق‏العاده براى کشتن انسان در وجود خود احساس مى‏کرد.
آیا انسان ممکن است اسیر و گرفتار شادى‏ها باشد و آیا ممکن است این شادى‏ها را با دیدن انسان دیگرى در غل و زنجیر دو چندان کند؟
آیا ممکن است آیین (به اصطلاح) مذهبى طریق کشتار و خونریزى را به بشریّت بیاموزد و دانشمندان و متفکّران را در میان شعله‏هاى سوزان آتش با تشریفات خاصّى بسوزاند؟
خمیرمایه نانى که پاپ در دوره انگیزیسیون به مردم پیشنهاد کرده بود این بود که افکار آن‏ها مانند موم باید در دست کشیشان کلیسا باشد.
مارسل کاشن مى‏نویسد:
در دوره انگیزیسیون پنج میلیون تن انسان را به اتّهام فکر کردن و نپذیرفتن فرمان پاپ به صلیب کشیدند، تنها سال‏هاى 1481- 1499 به دستور دادگاه‏هاى تفتیش عقاید 1020 نفر را زنده در آتش افکندند و 6860 تن را شقّه کردند و 97023 نفر را آن قدر زجر دادند تا زیر ضربات شکنجه شلّاق، دنیا را وداع گفتند؛ مردم را دسته دسته به اتّهامات واهى دستگیر و سنگسار مى‏کردند.
ولتر نویسنده فرانسوى حق داشت که بگوید:
آیین اسلام وجود خود را به حدّ اعلاى انسانیّت و جوانمردى‏هاى بنیان‏گذارش مدیون‏ است، در صورتى که مسیحیان با شمشیر و زجر و آتش، دین خود را تحمیل کرده ‏اند!!
کاس مینسکى در کتاب «تاریخ قرون وسطى» نوشته است:
در اسپانیا اعدام رافضیان (مخالفان کلیسا) به جشن رسمى مبدّل مى‏شد و نام (آوت دافه) یعنى کار عقیده به خود گرفت. سوزاندن رافضیان در میدان‏هاى شهر و در حضور دربار پادشاه اشراف و شهریان انجام مى‏گرفت، در این مراسم روحانیون کلیسایى در حالى که آوازهاى مذهبى مى‏خواندند، به صحنه مى‏آمدند و محکومین را به سوى جایگاه اعدام مى‏بردند.
غالباً اعدام دسته‏جمعى صورت مى‏گرفت. ترک مادام مفتّش عقاید که به هنگام ریاست بر کرسى انگیزیسیون هشت هزار نفر از کفّار و مرتدّان را به آتش انداخت، شهرت مخوفى کسب کرده است.
دیوان تفتیش عقاید در فرانسه به فرمان پاپ گرگوار نهم، شروع به کار کرد و مدّت هیجده سال مردم جنوب فرانسه در ترس و وحشت زندگى مى‏کردند.
پاپ مأمورانى به نواحى مختلف جنوب اعزام کرد و به آن‏ها اختیارات تام عطا کرد تا هرکس را مظنون بدانند به حبس محکوم کنند، اگر متّهم انکار مى‏کرد، از او با شکنجه‏ هاى مخوف و طاقت‏فرسا اعتراف مى‏گرفتند، اگر در پایان اعتراف، متّهم توبه مى‏کرد، به مجازات محکوم مى‏شد؛ ولى اگر حاضر به انجام مراسم توبه نمى‏شد، یا آن که قبلًا توبه کرده و توبه را شکسته بود، به دستور نمایندگان پاپ زنده در آتش مى‏سوخت.
در زمان سن‏لویى یکى از کسانى که در شامپانى مأمور تعقیب مظنونین بود، دستور داد که در یک جلسه 183 نفر کافر را سوزاندند.
شب بارتولومى یکى از شب‏هاى بسیار آشفته تاریخ است، در این شب هزاران زن و مرد و کودک به خاک و خون غلتیدند، تصویر زنده‏اى از این شب وحشتناک در نوشته‏هاى مورّخان نقش بسته است.
در این شب مخوف، کاتولیک‏هاى فرانسه عزم جزم کردند به زندگى مخالفان خود (کالوینیزم‏ها) خاتمه دهند. آنان در این شب به ناله پیره‏زنان، گریه کودکان و استغاثه مادران گوش نمى‏دادند، حکم تکفیر و کشتار مخالفان صادر شده بود و انسان وقتى فجایع آن شب را مطالعه مى‏کند بى‏اختیار با خود مى‏گوید:
قلب بشر از چه جنون وحشیانه‏اى آکنده است؟ و این است ماجراى مخوف در شب بیست و سوّم و بیست و چهارم اوت در عرفه، روز سن بارتلمى نواى شوم مصیبت از تمام ناقوس‏هاى پاریس طنین افکند؛ با این علامت قتل عام هوگنوها که در خواب غافلگیر شده بودند آغاز شد، جنگ در روزهاى بعد ادامه یافت و به ولایات کشیده شد، بنا به تخمین معاصران در این واقعه بیش از سى‏هزار تن کشته شدند.
قتل عام هوگنوها و سوختن خانه‏هاى آن‏ها و غارت اموال سه روز ادامه داشت، کوچه‏ ها از اجساد مردان، زنان و کودکان پوشیده بود!!
پاپ رم از شوق به هیجان آمد و دستور داد به شکرانه پیروزى بر کافران، رم را آذین بندند و چراغان کنند!!